آمادهاید ابزارهای بیوانفورماتیک خود را ارتقا دهید؟ بیایید BBTools را نصب کنیم!
بیبیتولز (BBTools) یک مجموعه ابزار قدرتمند مبتنی بر جاوا است که ابزارهای ضروری برای تجزیه و تحلیل دادههای توالییابی DNA و RNA را در خود جای داده است. این مجموعه که توسط برایان بوشل توسعه یافته، به دلیل سرعت، کارایی و تطبیقپذیری بالا شناخته میشود. یکی از مزایای کلیدی آن، قابلیت اجرا بر روی پلتفرمهای مختلف از جمله ویندوز، لینوکس و MacOS است. این راهنما یک دستورالعمل واضح برای نصب آن بر روی سیستم عامل اوبونتو ارائه میدهد.
مرحله ۱: آمادهسازی سیستم
اول از همه، بیایید مطمئن شویم که سیستم اوبونتوی شما بهروز است. ترمینال خود را باز کنید (Ctrl+Alt+T) و دستورات زیر را برای بهروزرسانی و ارتقای بستههای خود اجرا کنید:
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get upgrade
مرحله ۲: دانلود BBTools
مجموعه BBTools (که با نام BBMap توزیع میشود) در SourceForge در دسترس است. به پوشهای که میخواهید فایل را در آن ذخیره کنید بروید (مثلاً ‘Downloads’) و از دستور `wget` برای دانلود آن استفاده کنید:
$ cd Downloads/
$ wget https://sourceforge.net/projects/bbmap/files/BBMap_39.26.tar.gz
مرحله ۳: نصب از طریق استخراج فایل فشرده
نصب به سادگی خارج کردن فایل دانلود شده از حالت فشرده است. این دستور محتویات را در یک پوشه جدید به نام ‘bbmap’ استخراج میکند که شامل تمام اسکریپتهای اجرایی است.
$ tar xvzf BBMap_39.26.tar.gz
مرحله ۴: افزودن BBTools به متغیر PATH سیستم
برای اجرای دستورات BBTools از هر پوشهای در ترمینال، باید مسیر آن را به متغیر PATH سیستم خود اضافه کنید. فایل پیکربندی `.bashrc` را با استفاده از یک ویرایشگر متن مانند nano باز کنید:
$ sudo nano ~/.bashrc
به انتهای فایل بروید و خط زیر را اضافه کنید. مهم: فراموش نکنید که ‘user’ را با نام کاربری واقعی خود جایگزین کنید.
export PATH="$PATH:/home/user/Downloads/bbmap"
پس از ذخیره فایل و خروج از ویرایشگر، تغییرات را با این دستور در جلسه ترمینال فعلی خود اعمال کنید:
$ source ~/.bashrc
مرحله ۵: تست نصب
در نهایت، بیایید تأیید کنیم که همه چیز به درستی کار میکند. اسکریپت `reformat.sh` را روی یک فایل نمونه که همراه با نصب ارائه شده، اجرا کنید. این یک راه عالی برای تأیید صحت تنظیمات PATH و قابل اجرا بودن اسکریپتها است.
$ reformat.sh in=resources/phix174_ill.ref.fa.gz out=null
اگر نصب موفقیتآمیز باشد، خروجی را مشاهده خواهید کرد که پردازش خوانشها و بازها را به همراه زمان اجرا تأیید میکند. تبریک میگوییم، BBTools اکنون برای پروژههای تحلیل داده شما آماده است!
منبع: Bioinformatics Review